Современные подходы к генотипированию Chlamydia trachomatis
https://doi.org/10.29235/1029-8940-2019-64-1-112-124
Аннотация
Проведен обзор литературных данных о молекулярно-генетических методах генотипирования Chlamydia trachomatis и оценена возможность их практического использования. Информация, полученная в результате применения этих методов, является основой для эволюционного анализа и эпидемиологического мониторинга за циркуляцией возбудителя, а также для разработки целенаправленной профилактики, создания вакцины, повышения эффективности противохламидийного лечения.
Об авторах
Ю. М. Капустина
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии.
Беларусь
Беларусь
Капустина Юлия Михайловна – мл. науч. сотрудник.
ул. Филимонова, 23, 220114, г. Минск.
Л. В. Рубаник
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии.
Беларусь
Беларусь
Рубаник Людмила Владимировна – канд. биол. наук, заведующий лабораторией.
ул. Филимонова, 23, 220114, г. Минск.
Список литературы
1. Identification of proteins differentially expressed by Chlamydia trachomatis treated with chlamydiaphage capsid protein VP1 during intracellular growth / J. Ma [et al.] // Arch. Microbiol. – 2017. – Vol. 199, N 8. – P. – 1121–1131. https://doi.org/10.1007/s00203-017-1381-2
2. Белозорова, О. А. Превалирующие генотипы Chlamydia trachomatis у больных урогенитальным хламидиозом Харьковской области / О. А. Белозорова // Вісн. Харків. нац. університету імені В. Н. Каразіна. Серія: біологія. – 2010. – Вип. 11. – С. 55–59.
3. Rawre, J. Molecular typing of Chlamydia trachomatis: an overview / J. Rawre, D. Juyal, B. Dhawan // Indian J. Med. Microbiol. – 2017. – Vol. 35, N 1. – P. 17–26. https://doi.org/10.4103/ijmm.IJMM_16_341
4. Литовченко, О. А. Генотипирование Chlamydia trachomatis, выявленных в образцах, полученных у больных с урогенитальной патологией в северо-восточном регионе Украины / О. А. Литовченко // Ann. Mechnikov Institute. – 2011. – Т. 4. – С. 314–315.
5. Monoclonal antibodies to Chlamydia trachomatis: antibody specificities and antigen characterization / R. S. Stephens [et al.] // J. Immunol. – 1982. – Vol. 128. – P. 1083–1089.
6. Simplified microimmunofluorescence test with trachoma-lymphogranuloma venereum (Chlamydia trachomatis) antigens for use as a screening test for antibody / S. P. Wang [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 1975. – Vol. 1, N 3. – P. 250–255.
7. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis strains by multilocus sequence analysis / M. Klint [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2007. – Vol. 45, N 5. – P. 1410–1414. https://doi.org/10.1128/JCM.02301-06
8. Nucleotide and deduced amino acid sequences for the four variable domains of the major outer membrane proteins of the 15 Chlamydia trachomatis serovars / Y. Yuan [et al.] // Infection and Immunity. – 1989. – Vol. 57, N 4. – Р. 1040–1049.
9. The evolutionary history of the genus Acanthamoeba and the identification of eight new 18S rRNA gene sequence types / D. R. Stothard [et al.] // J. Eukaryot. Microbiol. – 1998. – Vol. 45, N 1. – P. 45–54. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.1998.tb05068.x
10. Genetic variability among Chlamydia trachomatis reference and clinical strains analyzed by pulsed-field gel electrophoresis / P. Rodriguez [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 1994. – Vol. 32, N 12. – P. 2921–2928.
11. Characterization of ompA genotypes by sequence analysis of DNA from all detected cases of Chlamydia trachomatis infections during 1 year of contact tracing in a Swedish County / M. Lysen [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2004. – Vol. 42, N 4. – P. 1641–1647. https://doi.org/10.1128/jcm.42.4.1641-1647.2004
12. The first case record of a female patient with bubonic lymphogranuloma venereum (LGV), serovariant L2b / S. P. Verweij [et al.] // Sexually Transmitted Infections. – 2012. – Vol. 88, N 5. – P. 346–347. https://doi.org/10.1136/sextrans-2011-050298
13. A multi-component prime-boost vaccination regimen with a consensus MOMP antigen enhances Chlamydia trachomatis clearance / A. Badamchi-Zadeh [et al.] // Front. Immunol. – 2016. – Vol. 7. – Art. 162. https://doi.org/10.3389/fimmu.2016.00162
14. Characterization of Chlamydia trachomatis omp1 genotypes among sexually transmitted disease patients in Sweden / M. Jurstrand [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2001. – Vol. 39, N 11. – P. 3915–3919. https://doi.org/10.1128/JCM.39.11.3915-3919.2001
15. Изучение распределения различных серотипов C. trachomatis и молекулярно-биологических свойств возбудителей / О. С. Полуян [и др.] // Мед. новости. – 2009. – № 8. – С. 82–86.
16. Асташонок, А. Н. Фено- и генотипическая характеристика Chlamydia trachomatis и детекция возбудителя с использованием флуоресцентных иммуномагнитных наночастиц : дис. … канд. биол. наук : 03.02.03 / А. Н. Асташонок. – М., 2016. – 123 л.
17. ПЦР-детекция и идентификация возбудителей хламидийных инфекций человека и обезьян / В. В. Слободенюк [и др.] // Иммунопатология, аллергология, инфектология. – 2009. – № 3. – С. 54–62.
18. Chlamydia trachomatis serovar distributions in Russian men and women: a comparison with dutch serovar distributions / V. Smelov [et al.] // Drugs Today. – 2009. – Vol. 45, suppl. B. – P. 33–38.
19. Urogenital Chlamydia trachomatis strain types, defined by high-resolution multilocus sequence typing, in relation to ethnicity and urogenital symptoms among a young screening population in Amsterdam, The Netherlands / B. Versteeq [et al.] // Sexually Transmitted Infections. – 2015. – Vol. 91, N 6. – P. 415–422. https://doi.org/10.1136/sextrans-2014-051790
20. Chlamydia trachomatis strains show specific clustering for men who have sex with men compared to heterosexual populations in Sweden, the Netherlands, and the United States / L. Christerson [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2012. – Vol. 50, N 11. – P. 3548–3555. https://doi.org/10.1128/JCM.01713-12
21. Chlamydia trachomatis ompA genotypes in male patients with urethritis in Greece: conservation of the serovar distribution and evidence for mixed infections with Chlamydophila abortus / P. Psarracos [et al.] // Mol. Cell. Probes. – 2011. – Vol. 25, N 4. – P. 168–173. https://doi.org/10.1016/j.mcp.2011.04.003
22. Chlamydia trachomatis prevalence, genotype distribution and identification of the new Swedish variant in Southern Germany / N. Fieser [et al.] // Infection. – 2013. – Vol. 41, N 1. – P. 159–166. https://doi.org/10.1007/s15010-012-0301-2
23. Minimum spread of the new Swedish variant of Chlamydia trachomatis and distribution of C. trachomatis ompA genotypes in three geographically distant areas of Spain, 2011–2012 / L. Pineiro [et al.] // Infection. – 2014. – Vol. 42, N 5. – P. 905–912. https://doi.org/10.1007/s15010-014-0665-6
24. Chlamydia trachomatis genotypes in school adolescents, Italy / P. Stefanelli [et al.] // Infection. – 2015. – Vol. 43, N 6. – P. 739–741. https://doi.org/10.1007/s15010-015-0787-5
25. Serological reactivity and bacterial genotypes in Chlamydia trachomatis urogenital infections in Guadeloupe, French West Indies / F.-X. Weill [et al.] // Sexually Transmitted Infections. – 2010. – Vol. 860, N 5. – P. 101–105. https://doi.org/10.1136/sti.2009.037036
26. Genotyping markers used for multilocus VNTR analysis with ompA (MLVA-ompA) and multi sequence typing (MST) retain stability in Chlamydia trachomatis / C. Labiran [et al.] // Cell. Infect. Microbiol. – 2012. – Vol. 2. – Art. 68. https://doi.org/10.3389/fcimb.2012.00068
27. MLVA subtyping of genovar E Chlamydia trachomatis individualizes the Swedish variant and anorectal isolates from men who have sex with men [Electronic resource] / O. Peuchant [et al.] // PLoS One. – 2012. – Vol. 7, N 2. – P. e31538. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031538
28. Comparative evaluation of new typing schemes for urogenital Chlamydia trachomatis isolates / L. N. Ikryannikova [et al.] // Immunol. Med. Microbiol. – 2010. – Vol. 59. – N 2. – P. 188–196. https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2010.00678.x
29. Ten years transmission of the new variant of Chlamydia trachomatis in Sweden: prevalence of infections and associated complications / J. Dahlberg [et al.] // Sexually Transmitted Infections. – 2018. – Vol. 94, N 2. – P. 100–104. https://doi.org/10.1136/sextrans-2016-052992
30. Evaluation of high-resolution typing methods for Chlamydia trachomatis in samples from heterosexual couples / R. J. Bom [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2011. – Vol. 49, N 8. – P. 2844–2853. https://doi.org/10.1128/JCM.00128-11
31. Molecular typing of Ch lamydia trachomatis by random amplification of polymorphic DNA / C. Scieux [et al.] // Res. Microbiol. – 1993. – Vol. 144, N 5. – P. 395–404.
32. Методы генотипирования бактерий: фрагментный анализ / Е. С. Сколотнева [и др.] / БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. – 2014. – № 2. – С. 13–21.
33. Urogenital Chlamydia trachomatis serovars in men and women with a symptomatic or asymptomatic infection: an association with clinical manifestations? / S. A. Morré [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2000. – Vol. 38, N 6. – P. 2292–2296.
34. Литовченко, О. А. Генотипирование Сhlamydia trachomatis на основе полиморфизма главного белка наружной мембраны и транслокированного актин-рекрутирующего фосфопротеина / О. А. Литовченко // Імунологія та алергологія: наука і практика. – 2012. – № 3. – С. 66–68.
35. Use of PCR and reverse line blot hybridization assay for rapid simultaneous detection and serovar identification of Chlamydia trachomatis / L. Xiong [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44, N 4. – P. 1413–1418. https://doi.org/10.1128/JCM.44.4.1413-1418.2006
36. Stothard, D. R. Use of a reverse dot blot procedure to identify the presence of multiple serovars in Chlamydia trachomatis urogenital infection / D. R. Stothard // J. Clin. Microbiol. – 2001. – Vol. 39, N 7. – P. 2655–2659. https://doi.org/10.1128/JCM.39.7.2655-2659.2001
37. Molecular epidemiology of genital Chlamydia trachomatis infection in Shenzhen, China / J.-J. Zhang [et al.] // Sexually Transmitted Infections. – 2012. – Vol. 88, N 4. – P. 272–277. https://doi.org/10.1136/sextrans-2011-050163
38. Genotyping of Chlamydia trachomatis strains from culture and clinical samples using an ompA-based DNA microarray assay / A. Ruettger [et al.] // Mol. Cell. Probes. – 2011. – Vol. 25, N 1. – P. 19–27. https://doi.org/10.1016/j.mcp.2010.09.004
39. Christerson, L. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis by use of a novel multilocus typing DNA microarray / L. Christerson [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2011. – Vol. 49, N 8. – P. 2838–2843. https://doi.org/10.1128/JCM.00883-11
40. Population genomics of Chlamydia trachomatis: insights on drift, selection, recombination, and population structure / S. J. Joseh [et al.] // Mol. Biol. Evol. – 2012. – Vol. 29, N 12. – P. 3933–3946. https://doi.org/10.1093/molbev/mss198
41. Whole genome analysis of diverse Chlamydia trachomatis strains identifies phylogenetic relationships masked by current clinical typing / S. R. Harris [et al.] // Nat. Genet. – 2012. – Vol. 44, N 4. – P. 413–419. https://doi.org/10.1038/ng.2214
Рецензия
Просмотров:
635
Послать статью по эл. почте 
