Современные подходы к генотипированию Chlamydia trachomatis
https://doi.org/10.29235/1029-8940-2019-64-1-112-124
Анатацыя
Проведен обзор литературных данных о молекулярно-генетических методах генотипирования Chlamydia trachomatis и оценена возможность их практического использования. Информация, полученная в результате применения этих методов, является основой для эволюционного анализа и эпидемиологического мониторинга за циркуляцией возбудителя, а также для разработки целенаправленной профилактики, создания вакцины, повышения эффективности противохламидийного лечения.
Аб аўтарах
Ю. Капустина
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии.
Беларусь
Беларусь
Л. Рубаник
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии.
Беларусь
Беларусь
Спіс літаратуры
1. Identification of proteins differentially expressed by Chlamydia trachomatis treated with chlamydiaphage capsid protein VP1 during intracellular growth / J. Ma [et al.] // Arch. Microbiol. - 2017. - Vol. 199, N 8. - P. - 1121-1131. https://doi.org/10.1007/s00203-017-1381-2
2. Белозорова, О. А. Превалирующие генотипы Chlamydia trachomatis у больных урогенитальным хламидиозом Харьковской области / О. А. Белозорова // Вісн. Харків. нац. університету імені В. Н. Каразіна. Серія: біологія. - 2010. - Вип. 11. - С. 55-59.
3. Rawre, J. Molecular typing of Chlamydia trachomatis: an overview / J. Rawre, D. Juyal, B. Dhawan // Indian J. Med. Microbiol. - 2017. - Vol. 35, N 1. - P. 17-26. https://doi.org/10.4103/ijmm.IJMM_16_341
4. Литовченко, О. А. Генотипирование Chlamydia trachomatis, выявленных в образцах, полученных у больных с урогенитальной патологией в северо-восточном регионе Украины / О. А. Литовченко // Ann. Mechnikov Institute. - 2011. - Т. 4. - С. 314-315.
5. Monoclonal antibodies to Chlamydia trachomatis: antibody specificities and antigen characterization / R. S. Stephens [et al.] // J. Immunol. - 1982. - Vol. 128. - P. 1083-1089.
6. Simplified microimmunofluorescence test with trachoma-lymphogranuloma venereum (Chlamydia trachomatis) antigens for use as a screening test for antibody / S. P. Wang [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 1975. - Vol. 1, N 3. - P. 250-255.
7. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis strains by multilocus sequence analysis / M. Klint [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45, N 5. - P. 1410-1414. https://doi.org/10.1128/JCM.02301-06
8. Nucleotide and deduced amino acid sequences for the four variable domains of the major outer membrane proteins of the 15 Chlamydia trachomatis serovars / Y. Yuan [et al.] // Infection and Immunity. - 1989. - Vol. 57, N 4. - Р. 1040-1049.
9. The evolutionary history of the genus Acanthamoeba and the identification of eight new 18S rRNA gene sequence types / D. R. Stothard [et al.] // J. Eukaryot. Microbiol. - 1998. - Vol. 45, N 1. - P. 45-54. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.1998.tb05068.x
10. Genetic variability among Chlamydia trachomatis reference and clinical strains analyzed by pulsed-field gel electrophoresis / P. Rodriguez [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 1994. - Vol. 32, N 12. - P. 2921-2928.
11. Characterization of ompA genotypes by sequence analysis of DNA from all detected cases of Chlamydia trachomatis infections during 1 year of contact tracing in a Swedish County / M. Lysen [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol. 42, N 4. - P. 1641-1647. https://doi.org/10.1128/jcm.42.4.1641-1647.2004
12. The first case record of a female patient with bubonic lymphogranuloma venereum (LGV), serovariant L2b / S. P. Verweij [et al.] // Sexually Transmitted Infections. - 2012. - Vol. 88, N 5. - P. 346-347. https://doi.org/10.1136/sextrans-2011-050298
13. A multi-component prime-boost vaccination regimen with a consensus MOMP antigen enhances Chlamydia trachomatis clearance / A. Badamchi-Zadeh [et al.] // Front. Immunol. - 2016. - Vol. 7. - Art. 162. https://doi.org/10.3389/fimmu.2016.00162
14. Characterization of Chlamydia trachomatis omp1 genotypes among sexually transmitted disease patients in Sweden / M. Jurstrand [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39, N 11. - P. 3915-3919. https://doi.org/10.1128/JCM.39.11.3915-3919.2001
15. Изучение распределения различных серотипов C. trachomatis и молекулярно-биологических свойств возбудителей / О. С. Полуян [и др.] // Мед. новости. - 2009. - № 8. - С. 82-86.
16. Асташонок, А. Н. Фено- и генотипическая характеристика Chlamydia trachomatis и детекция возбудителя с использованием флуоресцентных иммуномагнитных наночастиц : дис. … канд. биол. наук : 03.02.03 / А. Н. Асташонок. - М., 2016. - 123 л.
17. ПЦР-детекция и идентификация возбудителей хламидийных инфекций человека и обезьян / В. В. Слободенюк [и др.] // Иммунопатология, аллергология, инфектология. - 2009. - № 3. - С. 54-62.
18. Chlamydia trachomatis serovar distributions in Russian men and women: a comparison with dutch serovar distributions / V. Smelov [et al.] // Drugs Today. - 2009. - Vol. 45, suppl. B. - P. 33-38.
19. Urogenital Chlamydia trachomatis strain types, defined by high-resolution multilocus sequence typing, in relation to ethnicity and urogenital symptoms among a young screening population in Amsterdam, The Netherlands / B. Versteeq [et al.] // Sexually Transmitted Infections. - 2015. - Vol. 91, N 6. - P. 415-422. https://doi.org/10.1136/sextrans-2014-051790
20. Chlamydia trachomatis strains show specific clustering for men who have sex with men compared to heterosexual populations in Sweden, the Netherlands, and the United States / L. Christerson [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N 11. - P. 3548-3555. https://doi.org/10.1128/JCM.01713-12
21. Chlamydia trachomatis ompA genotypes in male patients with urethritis in Greece: conservation of the serovar distribution and evidence for mixed infections with Chlamydophila abortus / P. Psarracos [et al.] // Mol. Cell. Probes. - 2011. - Vol. 25, N 4. - P. 168-173. https://doi.org/10.1016/j.mcp.2011.04.003
22. Chlamydia trachomatis prevalence, genotype distribution and identification of the new Swedish variant in Southern Germany / N. Fieser [et al.] // Infection. - 2013. - Vol. 41, N 1. - P. 159-166. https://doi.org/10.1007/s15010-012-0301-2
23. Minimum spread of the new Swedish variant of Chlamydia trachomatis and distribution of C. trachomatis ompA genotypes in three geographically distant areas of Spain, 2011-2012 / L. Pineiro [et al.] // Infection. - 2014. - Vol. 42, N 5. - P. 905-912. https://doi.org/10.1007/s15010-014-0665-6
24. Chlamydia trachomatis genotypes in school adolescents, Italy / P. Stefanelli [et al.] // Infection. - 2015. - Vol. 43, N 6. - P. 739-741. https://doi.org/10.1007/s15010-015-0787-5
25. Serological reactivity and bacterial genotypes in Chlamydia trachomatis urogenital infections in Guadeloupe, French West Indies / F.-X. Weill [et al.] // Sexually Transmitted Infections. - 2010. - Vol. 860, N 5. - P. 101-105. https://doi.org/10.1136/sti.2009.037036
26. Genotyping markers used for multilocus VNTR analysis with ompA (MLVA-ompA) and multi sequence typing (MST) retain stability in Chlamydia trachomatis / C. Labiran [et al.] // Cell. Infect. Microbiol. - 2012. - Vol. 2. - Art. 68. https://doi.org/10.3389/fcimb.2012.00068
27. MLVA subtyping of genovar E Chlamydia trachomatis individualizes the Swedish variant and anorectal isolates from men who have sex with men [Electronic resource] / O. Peuchant [et al.] // PLoS One. - 2012. - Vol. 7, N 2. - P. e31538. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031538
28. Comparative evaluation of new typing schemes for urogenital Chlamydia trachomatis isolates / L. N. Ikryannikova [et al.] // Immunol. Med. Microbiol. - 2010. - Vol. 59. - N 2. - P. 188-196. https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2010.00678.x
29. Ten years transmission of the new variant of Chlamydia trachomatis in Sweden: prevalence of infections and associated complications / J. Dahlberg [et al.] // Sexually Transmitted Infections. - 2018. - Vol. 94, N 2. - P. 100-104. https://doi.org/10.1136/sextrans-2016-052992
30. Evaluation of high-resolution typing methods for Chlamydia trachomatis in samples from heterosexual couples / R. J. Bom [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N 8. - P. 2844-2853. https://doi.org/10.1128/JCM.00128-11
31. Molecular typing of Ch lamydia trachomatis by random amplification of polymorphic DNA / C. Scieux [et al.] // Res. Microbiol. - 1993. - Vol. 144, N 5. - P. 395-404.
32. Методы генотипирования бактерий: фрагментный анализ / Е. С. Сколотнева [и др.] / БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. - 2014. - № 2. - С. 13-21.
33. Urogenital Chlamydia trachomatis serovars in men and women with a symptomatic or asymptomatic infection: an association with clinical manifestations? / S. A. Morré [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2000. - Vol. 38, N 6. - P. 2292-2296.
34. Литовченко, О. А. Генотипирование Сhlamydia trachomatis на основе полиморфизма главного белка наружной мембраны и транслокированного актин-рекрутирующего фосфопротеина / О. А. Литовченко // Імунологія та алергологія: наука і практика. - 2012. - № 3. - С. 66-68.
35. Use of PCR and reverse line blot hybridization assay for rapid simultaneous detection and serovar identification of Chlamydia trachomatis / L. Xiong [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44, N 4. - P. 1413-1418. https://doi.org/10.1128/JCM.44.4.1413-1418.2006
36. Stothard, D. R. Use of a reverse dot blot procedure to identify the presence of multiple serovars in Chlamydia trachomatis urogenital infection / D. R. Stothard // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39, N 7. - P. 2655-2659. https://doi.org/10.1128/JCM.39.7.2655-2659.2001
37. Molecular epidemiology of genital Chlamydia trachomatis infection in Shenzhen, China / J.-J. Zhang [et al.] // Sexually Transmitted Infections. - 2012. - Vol. 88, N 4. - P. 272-277. https://doi.org/10.1136/sextrans-2011-050163
38. Genotyping of Chlamydia trachomatis strains from culture and clinical samples using an ompA-based DNA microarray assay / A. Ruettger [et al.] // Mol. Cell. Probes. - 2011. - Vol. 25, N 1. - P. 19-27. https://doi.org/10.1016/j.mcp.2010.09.004
39. Christerson, L. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis by use of a novel multilocus typing DNA microarray / L. Christerson [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N 8. - P. 2838-2843. https://doi.org/10.1128/JCM.00883-11
40. Population genomics of Chlamydia trachomatis: insights on drift, selection, recombination, and population structure / S. J. Joseh [et al.] // Mol. Biol. Evol. - 2012. - Vol. 29, N 12. - P. 3933-3946. https://doi.org/10.1093/molbev/mss198
41. Whole genome analysis of diverse Chlamydia trachomatis strains identifies phylogenetic relationships masked by current clinical typing / S. R. Harris [et al.] // Nat. Genet. - 2012. - Vol. 44, N 4. - P. 413-419. https://doi.org/10.1038/ng.2214
##reviewer.review.form##
Праглядаў:
640
ISSN 1029-8940 (Print)
ISSN 2524-230X (Online)
ISSN 2524-230X (Online)
Паслаць артыкул па эл. пошце 
