Установление породного состава свиней с использованием технологии KASP

Установлен высокий дифференцирующий потенциал семи полиморфных вариантов для различения свиней пород йоркшир, белорусская крупная белая и белорусская мясная, разводимых в Беларуси. Для свиней породы йоркшир предложена модель, включающая три однонуклеотидных полиморфизма – Chr.6:g.121005974A>G, Chr.17:g.15827832G>T, Chr.10:g.30081932A>G; для свиней породы белорусская крупная белая – Chr.6:g.121005974A>G, Chr.3:g.118879246C>G, Chr.7:g.52269732A>G; для свиней породы белорусская мясная – Chr.8:g.47482649G>T, Chr.9:g.48882095A>G, Chr.10:g.30081932A>G. Модели характеризуются высокими значениями точности, специфичности и чувствительности. Подход к дифференциации пород свиней основан на технологии конкурентной аллельспецифической ПЦР.

1. Dekkers, J. C. M. Marker-assisted selection for commercial crossbred performance / J. C. M. Dekkers // Journal of Animal Science. – 2007. – Vol. 85, N 9. – P. 2104–2114. https://doi.org/10.2527/jas.2006-683

2. A genome-wide association study for a proxy of intermuscular fat level in the Italian Large White breed identifies genomic regions affecting an important quality parameter for dry-cured hams / L. Fontanesi, G. Schiavo, G. Galimberti [et al.] // Animal genetics. – 2017. – Vol. 48, N 4. – P. 459–465. https://doi.org/10.1111/age.12542

3. PorcineSNP60 DNA Analysis Kit v3. – URL: https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/porcinesnp60.html (date of access: 30.06.2024).

4. Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing / A. M. Ramos, H. J. Megens, R. P. M. A. Crooijmans [et al.] // Animal Genetics. – 2011. – Vol. 42, N 6. – P. 613–620. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x

5. Genome-wide association study for ham weight loss at first salting in Italian Large White pigs: towards the genetic dissection of a key trait for dry-cured ham production / L. Fontanesi, G. Schiavo, M. Gallo [et al.] // Animal Genetics. – 2017. – Vol. 48, N 1. – P. 103–107. https://doi.org/10.1111/age.12491

6. Genetic diversity analysis of two commercial breeds of pigs using genomic and pedigree data / R. Zanella, J. O. Peixoto, F. F. Cardoso [et al.] // Genetics Selection Evolution – 2016. – Vol. 48. – Art. 24. https://doi.org/10.1186/s12711-016-0203-3

7. Genome-wide study on intramuscular fat in Italian Large White pig breed using the PorcineSNP60 BeadChip / R. Davoli, D. Luise, V. Mingazzini, P. [et al.] // Journal of Animal Breeding and Genetics. – 2016. – Vol. 133, N 4. – P. 277–282. https://doi.org/10.1111/jbg.12189

8. A genome-wide association study in large white and landrace pig populations for number piglets born alive / S. Bergfelder-Drüing, C. Grosse-Brinkhaus, B. Lind [et al.] // PLoS One. – 2015. – Vol. 10, N 3. – P. e0117468. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0117468

9. A genomewide association study for average daily gain in Italian Large White pigs / L. Fontanesi, G. Schiavo, G. Galimberti [et al.] // Journal of Animal Science – 2014. – Vol. 92, N 4. – P. 1385–1394. https://doi.org/10.2527/jas.2013-7059

10. A genome-wide association study to detect QTL for commercially important traits in Swiss Large White boars / D. Becker, K. Wimmers, H. Luther [et al.] // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, N 2. – P. e55951. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055951

11. Development of a genetic tool for product regulation in the diverse British pig breed market / S. Wilkinson, A. L. Archibald, C. S. Haley [et al.] // BMC Genomics. – 2012. – Vol. 13. – Art. 580. https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-580

12. Using SNP array data to test for host genetic and breed effects on Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Viremia / S. Biffani, S. Botti, S. C. Bishop [et al.] // BMC Proceedings. – 2011. – Vol. 5, Suppl 4. – Art. S28. https://doi.org/10.1186/1753-6561-5-s4-s28

13. Estimation of U.S. Yorkshire breed composition using genomic data / Y. Huang, R. O. Bates, C. W. Ernst [et al.] // Journal of Animal Science. – 2014. – Vol. 92, N 4. – P. 1395–1404. https://doi.org/10.2527/jas.2013-6907

14. Uimari, P. Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Landrace pig breed / P. Uima ri, A. Sironen, M. L. Sevón-Aimonen // Genetics Selection Evolution. – 2011. – Vol. 43, N 1. – Art. 42. https://doi.org/10.1186/1297-9686-43-42

15. Multi-breed genome-wide association study reveals novel loci associated with the weight of internal organs / Y. He, X. Li, F. Zhang [et al.] // Genetics Selection Evolution. – 2015. – Vol. 47. – Art. 87. https://doi.org/10.1186/s12711-015-0168-7

16. Investigations on the pattern of linkage disequilibrium and selection signatures in the genomes of German Piétrain pigs / P. Stratz, K. Wimmers, T. H. E. Meuwissen, J. Bennewitz // Journal of Animal Breeding and Genetics. – 2014. – Vol. 131, N 6. – P. 473–482. https://doi.org/10.1111/jbg.12107

17. Roberts, K. S. Relationships among and variation within rare breeds of swine / K. S. Roberts, W. R. Lamberson // Journal of Animal Science. – 2015. – Vol. 93, N 8. – P. 3810–3813. https://doi.org/10.2527/jas.2015-9001

18. Оценка интрогрессии генов свиньи домашней (Sus scrofa domesticus) в генофонд дикого кабана (Sus scrofa scrofa) на основе исследования полиморфизма генов MC1R и NR6A1 / В. Н. Кипень, А. О. Рябцева, С. А. Котова [и др.] // Молекулярная и прикладная генетика. – 2019. – Т. 26. – С. 83–95.

19. Кипень, В. Н. GENIS – методологический подход для генотипирования in silico (апробация на результатах секвенирования для Sus scrofa) / В. Н. Кипень, Е. В. Снытков // Математическая биология и биоинформатика. – 2024. – Т. 19, № 1. – C. 36–51.

20. Sequence Read Archive (SRA). – URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra (date of access: 20.06.2024).

21. Multifactor–dimensionality reduction reveals high–order interactions among estrogen–metabolism genes in sporadic breast cancer / M. D. Ritchie, L. W. Hahn, N. Roodi [et al.] // The American Journal of Human Genetics. – 2001. – Vol. 69, N 1. – P. 138–147. https://doi.org/10.1086/321276

22. Analysis of HEPH Gene Polymorphism on the X Chromosome for Identification of Wild Boar and Domestic Pig / V. N. Kipen, E. V. Ivanova, E. V. Snytkov, A. N. Verchuk // Russian Journal of Genetics. – 2020. – Vol. 56, N 9. – P. 1099–1108. https://doi.org/10.1134/s1022795420080062

23. Building Applied Genomic Capacity for Animal Industries. – URL: https://www.animalgenome.org (date of access: 20.06.2024).

24. Дифференциация пород домашних свиней c использованием расширенного биоинформатического анализа SNP / В. Н. Кипень, Е. В. Снытков, М. Е. Михайлова, Р. И. Шейко // Доклады Национальной академии наук Беларуси. – 2022. – Т. 66. – № 3. – С. 301–309.

25. Дифференциация пород свиней с использованием технологии KASP – теcт-система для породы дюрок / В. Н. Кипень, Е. В. Снытков, М. Е. Михайлова, Р. И. Шейко // Молекулярная и прикладная генетика. – 2024. – Т. 36. – С. 114–122.

26. Анализ полиморфизма генов KDM3A и DBX2 для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus / В. Н. Кипень, М. Е. Михайлова, Е. В. Снытков, Р. И. Шейко // Доклады Национальной академии наук Беларуси. – 2023. – Т. 67, № 2. – С. 119–125.

27. Кипень, В. Н. Моделирование панели породоспецифичных SNP-маркеров для определения чистопородности домашних свиней породы дюрок / В. Н. Кипень // Биотехнология: достижения и перспективы развития: сб. материалов II междунар. науч.-практ. конф., Пинск, 7–8 дек. 2017 г. / Полес. гос. ун-т. – Пинск, 2017. – С. 63–65.

28. Котова, С. А. Моделирование панели породоспецифичных SNP-маркеров для генотипирования домашних свиней породы ландрас с использованием MDR-анализа / С. А. Котова, В. Н. Кипень // Современные достижения и проблемы биотехнологии сельскохозяйственных животных БиоТехЖ – 2016: материалы 11-й Всерос. конф.-шк. ученых с междунар. участием, п. Дубровицы, 13–16 дек. 2016 г. / Всерос. науч.-исслед. ин-т животноводства им. акад. Л. К. Эрнеста. – п. Дубровицы, 2016. – С. 86–91.

29. Биоинформатический анализ геномов домашних свиней – породоспецифичные SNP для пород ландрас и пьетрен / Е. В. Снытков, В. Н. Кипень, М. Е. Михайлова [и др.] // Генетические проблемы в популяциях: материалы Науч. конф. с междунар. участием, посвящ. 50-летнему юбилею лаборатории популяц. генетики им. Ю. П. Алтухова ИОГен РАН и 85-летию со дня рождения акад. Юрия Петровича Алтухова, Москва, 11–14 нояб. 2022 г. / Ин-т общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН; ред.: Д. В. Политов [и др.]. – М., 2022. – С. 56.