Анализ проблемы молекулярной идентификации дикого (wtCT), бесплазмидного (р-СТ) и шведского (SE-nvCT) вариантов Chlamydia trachomatis в Беларуси

К настоящему времени известно, что популяция Chlamydia trachomatis генетически гетерогенна. Наряду с первоначально описанным диким типом (wtCT) в мире обнаружены мутантные варианты (mtCT): бесплазмидный (р-СТ), шведский (SE-nvCT), мексиканский (MX-nvCT) и финский (FI-nvCT), обладающие неодинаковой вирулентностью и тропностью к различным органам и тканям. Данные варианты могут ускользать от ПЦРдиагностики ввиду отсутствия целевых мишеней или изменений в них, что делает неэффективным использование ряда диагностических тест-систем для молекулярно-биологической детекции патогена.

Проанализированы изоляты C. trachomatis, собранные на территории Республики Беларусь в период с 2013 по 2022 г. от лиц репродуктивного возраста с воспалительными заболеваниями урогенитального тракта. Установлено, что доминирующим геновариантом возбудителя (примерно в 93 % случаев) является дикий тип wtCT. Мутантные штаммы, составляющие около 7 % популяции патогена, представлены p-CT и SE-nvCT геновариантами. Случаев выявления MX-nvCT и FI-nvCT геновариантов в анализируемой выборке изолятов C. trachomatis не отмечено.

Необходимы дальнейшая оптимизация тактики молекулярно-биологической идентификации различных геновариантов C. trachomatis для эффективного обнаружения возбудителя и изучение патогенеза хламидийной урогенитальной инфекции.

1. European Centre for Disease Prevention and Control. Chlamydia infection // ECDC. Annual epidemiological report for 2019. Stockholm: ECDC, 2022 [Electronic resource]. – Mode of access: http://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/chlamydia-annual-epidemiological-report-2019.pdf. – Date of access: 08.06.2023.

2. Global health sector strategies on, respectively, HIV, viral hepatitis and sexually transmitted infections for the period 2022‒2030 [Electronic resource]. – Mode of access: https://www.who.int/teams/global-hiv-hepatitis-and-stis-programmes/ strategies/global-health-sector-strategies. – Date of access: 08.06.2023.

3. Sensitivity, specificity, inclusivity and exclusivity of the updated Aptima Combo 2 assay, which provides detection coverage of the new diagnostic-escape Chlamydia trachomatis variants / M. Unemo [et al.] // BMC Infect. Dis. – 2020. – Vol. 20, art. 419. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05148-7

4. Comprehensive global genome dynamics of Chlamydia trachomatis show ancient diversification followed by contemporary mixing and recent lineage expansion / J. Hadfield [et al.] // Genome Res. – 2017. – Vol. 27. – P. 1220–1229. https://doi. org/10.1101/gr.212647.116

5. Duh, D. Single mutation in the matrix gene of seasonal influenza A viruses critically affects the performance of diagnostic molecular assay / D. Duh, B. Blažic // J. Virol. Methods. – 2018. – Vol. 251. – P. 43–45. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2017.10.007

6. Evolution of Neisseria gonorrhoeae is a continuing challenge for molecular detection of gonorrhoea: false negative gonococcal porA mutants are spreading internationally / C. A. Ison [et al.] // Sex. Transm. Infect. – 2013. – Vol. 89, N 3. – P. 197‒201. https://doi.org/10.1136/sextrans-2012-050829

7. Выявление безплазмидного и мутантного «шведского» вариантов Chlamydia trachomatis, выделенных от лиц с урогенитальным хламидиозом в Республике Беларусь / Л. В. Рубаник [и др.] // Мед. новости. – 2017. – № 12. – С. 49–53.

8. Разработка и определение аналитических характеристик набора реагентов для генодиагностики Chlamydia trachomatis «Chlamydia trachomatis-ПЦР/РВ» / Ю. М. Капустина [и др.] // Современные проблемы инфекционной патологии человека: сб. науч. тр. / М-во здравоохр. Респ. Беларусь; РНПЦ эпидемиологии и микробиологии; под ред. В. А. Горбунова. – Минск, 2022. – Вып. 14. – С. 86‒93.

9. The Finnish New Variant of Chlamydia trachomatis with a single nucleotide polymorphism in the 23S rRNA target escapes detection by the Aptima Combo 2 Test / K. Hokynar [et al.] // Microorganisms. – 2019. – Vol. 7, N 8. – Art. 227. https://doi.org/10.3390/microorganisms7080227

10. Рубаник, Л. В. Метод генотипирования C. trachomatis : инструкция по применению: утв. М-вом здравоохранения Респ. Беларусь 20.06.2019, рег. № 007-0619 / Л. В. Рубаник, Н. Н. Полещук, Ю. М. Капустина. – Минск: РНПЦ эпидемиологии и микробиологии, 2019. – 12 с.

11. Nunes, A. Evolution, phylogeny, and molecular epidemiology of Chlamydia / A. Nunes, J. P. Gomes // Infect., Genet. Evol. – 2014. – Vol. 23. – P. 49–64. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.01.029

12. Plasmid deficiency in urogenital isolates of Chlamydia trachomatis reduces infectivity and virulence in a mouse model / I. M. Sigar [et al.] // Pathogens Dis. – 2014. – Vol. 70, N 1. – P. 61–69. https://doi.org/10.1111/2049-632X.12086

13. Ripa, T. A variant of Chlamydia trachomatis with deletion in cryptic plasmid: implications for use of PCR diagnostic tests / T. Ripa, P. A. Nilsson // Eurosurveillance. – 2006. – Vol. 11, N 45. – P. 9‒11. https://doi.org/10.2807/esw.11.45.03076-en

14. The Swedish new variant of Chlamydia trachomatis: genome sequence, morphology, cell tropism and phenotypic characterization / M. Unemo [et al.] // Microbiology. – 2010. – Vol. 156, N 5. – P. 1394–1404. https://doi.org/10.1099/ mic.0.036830-0

15. Monitoring the potential introduction of the Swedish Chlamydia trachomatis variant (swCT) in the Netherlands / S. A. Morré [et al.] // Eurosurveillance. – 2007. – Vol. 12, N 10. ‒ P. E9‒E10. https://doi. org/10.2807/esm.12.10.00739-en

16. Is there evidence of the new variant Chlamydia trachomatis in the United States? / H. Won [et al.] // Sex. Transm. Dis. – 2013. – Vol. 40, N 5. – P. 352‒353. https://doi.org/10.1097/OLQ.0b013e3182841786

17. An asymptomatic patient with fatal infertility carried a Swedish strain of Chlamydia trachomatis with additional deletion in the plasmid orf1 that belong to a different MLST sequence type / V. A. Feodorova [et al.] // Microorganisms. – 2019. – Vol. 7, N 7. ‒ Art. 187. https://doi.org/10.3390/microorganisms7070187

18. Identification of a new variant of Chlamydia trachomatis in Mexico. Identificación de nueva variante de Chlamydia trachomatis en México / M. R. Escobedo-Guerra [et al.] // Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. (Engl. ed). – 2019. – Vol. 7, N 2. – P. 93‒99. https://doi.org/10.1016/j.eimc.2018.02.008

19. The ‘Finnish new variant of Chlamydia trachomatis’ escaping detection in the Aptima Combo 2 assay is widespread across Norway, June to August 2019 / T. B. Johansen [et al.] // Eurosurveillance. – 2019. – Vol. 24, N 42. ‒ Art. 1900592. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.42.1900592

20. A Chlamydia trachomatis 23S rRNA G1523A variant escaping detection in the Aptima Combo 2 assay (Hologic) was widespread across Denmark in July–September 2019 / R. Hadad [et al.] // APMIS. – 2020. – Vol. 128, N 6. – P. 440‒444. https://doi.org/10.1111/apm.13043

21. Prevalence of new variants of Chlamydia trachomatis escaping detection by the Aptima Combo 2 assay, England, June to August 2019 / D. J. Roberts [et al.] // Eurosurveillance. – 2019. – Vol. 24, N 38. ‒ Art. 1900557. https://doi. org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.38.1900557

22. No widespread dissemination of Chlamydia trachomatis diagnostic-escape variants and the impact of Neisseria gonorrhoeae positivity on the Aptima Combo 2 assay / M. J. Cole [et al.] // Sex. Transm. Infect. – 2022. – Vol. 98, N 5. – P. 366‒370. http://dx.doi.org/10.1136/sextrans-2021-054988

23. Finnish new variant of Chlamydia trachomatis escaping detection in the Aptima Combo 2 assay also present in Örebro County, Sweden / M. Unemo [et al.] // Eurosurveillance. – 2019. – Vol. 24, N 26. ‒ Art. 1900370. https://doi. org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.26.1900370

24. Chlamydia trachomatis variants escaping detection in the Aptima Combo 2® assay in the United States / S. S. Katz [et al.] // Sex. Transm. Dis. – 2022. – Vol. 49, N 6. – P. 448–452. https://doi.org/10.1097/OLQ.0000000000001617

25. Chlamydia trachomatis samples testing falsely negative in the Aptima Combo 2 test in Finland, 2019 / K. RantakokkoJalava [et al.] // Eurosurveillance. – 2019. – Vol. 24, N 22. ‒ Art. 1900298. https://doi.org/10.2807/1560-7917. ES.2019.24.22.1900298