ПЦР в режиме реального времени для индикации представителей порядка Chlamydiales: необходимость разработки и основные аналитические характеристики метода

   Заболевания органов дыхания занимают доминирующее положение в структуре болезней, этиология которых зачастую остается невыясненной. Во многом это обусловлено недостаточной изученностью всего спектра патогенов, вызывающих респираторные заболевания, а также отсутствием подходов к их индикации и идентификации. Благодаря постоянному прогрессу молекулярной биологии идентифицирован ряд родственных хламидиям бактерий, включая хламидияподобные микроорганизмы, часть из которых связана с респираторными заболеваниями человека. Роль атипичных возбудителей, таких как хламидияподобные микроорганизмы Parachlamydia acanthamoebae и Simkania negevensis, в патологии респираторного тракта человека активно изучается. Разработан и оптимизирован метод на основе ПЦР в режиме реального времени, который способен выявлять ДНК как хламидий, так и хламидияподобных микроорганизмов (Parachlamydia acanthamoebae и Simkania negevensis). Метод характеризуется высокой специфичностью и воспроизводимостью, а также аналитической чувствительностью на уровне 8,7·103 ГЭ/мл. Его применение даст возможность оценить вклад данных атипичных возбудителей в этиологическую структуру инфекционных заболеваний респираторного тракта.

1. Очилова, С. С. Роль Mycoplasma pneumoniae в качестве этиологического агента при заболеваниях респираторного тракта / С. С. Очилова, Н. Т. Ёдгорова, Г. Х. Эрнаева // Биология и интегратив. медицина. – 2017. – № 4. – С. 110–128.

2. Greub, G. Parachlamydia acanthamoebae, an emerging agent of pneumonia / G. Greub / J. Clin. Microbiol. Infect. – 2009. – Vol. 15, N 1. – P. 18–28. doi: 10.1111/j.1469-0691.2008.02633.x

3. Косяков, С. Я. Острые респираторные инфекции в практике оториноларинголога / С. Я. Косяков, И. Б. Анготоева // Мед. совет. – 2013. – № 7. – С. 26–31.

4. Parachlamydia acanthamoebae detected during a pneumonia outbreak in southeastern Finland, in 2017–2018 / K. Hokynar [et al.] // Microorganisms. – 2019. – Vol. 7, N 5. – P. 141. doi: 10.3390/microorganisms7050141

5. Development of a new chlamydiales-specific real-time PCR and its application to respiratory clinical samples / J. Lienard [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2011. – Vol. 49, N 7. – P. 2637–2642. doi: 10.1128/JCM.00114-11

6. Twenty years of research into Chlamydia-like organisms: a revolution in our understanding of the biology and pathogenicity of members of the phylum Chlamydiae / A. Taylor-Brown [et al.] // Pathog. Dis. – 2015. – Vol. 73, N 1. – P. 1–15. doi: 10.1093/femspd/ftu009

7. Vouga, M. Simkania negevensis, an insight into the biology and clinical importance of a novel member of the Chlamydiales order / M. Vouga, D. Baud, G. Greub // Crit. Rev. Microbiol. – 2017. – Vol. 43, N 1. – P. 62–80. doi: 10.3109/1040841X.2016.1165650

8. Taxogenomics of the order Chlamydiales / T. Pillonel [et al.] / Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2015. – Vol. 6. – P. 1381–1393. doi: 10.1099/ijs.0.000090

9. Al-Younes, H. M. Molecular evidence for the absence of an association between Simkania negevensis and respiratory diseases / H. M Al-Younes, W. Al-Zereini, N. M. Obeidat // J. Med. Microbiol. – 2017. – Vol. 66, N 9. – P. 1324–1327. doi: 10.1099/jmm.0.000564

10. Greub, G. Parachlamydia acanthamoeba enters and multiplies within human macrophages and induces their apoptosis / G. Greub, J.-L. Mege, D. Raoult // Infect. Immun. – 2003. – Vol. 71, N 10. – P. 5979-5985. doi: 10.1128/IAI.71.10.5979-5985.2003

11. Corsaro, D. New chlamydial lineages from freshwater samples / D. Corsaro, D. Venditti, V. Valassina // Microbiology. – 2002. – Vol. 148, N 2. – Р. 343–344. doi: 10.1099/00221287-148-2-343

12. Parachlamydia acanthamoebae enters and multiplies within pneumocytes and lung fibroblasts / N. Casson [et al.] // Microbes Infect. – 2006. – Vol. 8. – P. 1294–1300. doi: 10.1016/j.micinf.2005.12.011

13. Severe pneumonia due to Parachlamydia acanthamoebae following intranasal inoculation: A mice model / L. Pilloux [et al.] // Microbes Infect. – 2015. – Vol. 17, N 11–12. – P. 755–760. doi: 10.1016/j.micinf.2015.08.007

14. Chlamydialike organisms and atherosclerosis / G. Greub [et al.] // Emerg. Infect. Dis. – 2006. – Vol. 12, N 4. – P. 705–706. doi: 10.3201/eid1204.050751

15. High prevalence of “Simkania Z”, a novel Chlamydia-like bacterium, in infants with acute bronchiolitis / S. Kahane [et al.] // J. Infect. Dis. – 1998. – Vol. 177, N 5. – P. 1425–1429. doi: 10.1086/517830

16. Domestic water supplies as a possible source of infection with Simkania / S. Kahane [et al.] // J. Infect. – 2007. – Vol. 54, N 1. – P. 75–81. doi: 10.1016/j.jinf.2006.01.011

17. High rate of Simkania negevensis among Canadian inuit infants hospitalized with lower respiratory tract infections / D. Greenberg [et al.] // Scand. J. Infect. Dis. – 2003. – Vol. 35. – P. 506–508. doi: 10.1080/00365540310014648

18. Infection with Simkania negevensis in Brooklyn, New York / S. Kumar [et al.] // Pediatr. Infect. Dis. J. – 2005. – Vol. 24, N 11. – P. 989–992. doi: 10.1097/01.inf.0000183755.24578.0b

19. Detection of Simkania negevensis by culture, PCR, and serology in respiratory tract infection in Cornwall, UK / M. G. Friedman [et al.] // J. Clin. Pathol. – 2006. – Vol. 59, N 3. – P. 331–333. doi: 10.1136/jcp.2004.025601

20. New diagnostic real-time PCR for specific detection of Parachlamydia acanthamoebae DNA in clinical samples / N. Casson [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46, N 4. – P. 1491–1493. doi: 10.1128/JCM.02302-07

21. Parachlamydia and Rhabdochlamydia in premature neonates / F. Lamoth [et al.] // Emerg. Infect. Dis. – 2009. – Vol. 15, N 12. – P. 2072–2075. doi: 10.3201/eid1512.090267

22. Simkania negevensis: Is it a real respiratory pathogen? / M. Kose [et al.] // Acta Microbiol. Immunol. Hung. – 2015. – Vol. 62, N 2. – P. 161–166. doi: 10.1556/030.62.2015.2.6

23. Niemi, S. Chlamydia-related bacteria in respiratory samples in Finland / S. Niemi, G. Greub, M. Puolakkainen // Microbes Infect. – 2011. – Vol. 13, N 10. – P. 824–827. doi: 10.1016/j.micinf.2011.04.012

24. Получение генно-инженерных конструкций, содержащих диагностически значимые фрагменты генома Chlamydia trachomatis / Е. Г. Фомина [и др.] // Современные проблемы инфекционной патологии человека : сб. науч. тр. / М-во здравоохранения Респ. Беларусь ; РНПЦ эпидемиологии и микробиологии ; под ред. В. А. Горбунова. – Минск, 2020. – Вып. 13. – С. 104–109.

25. Lorenz, T. C. Polymerase chain reaction: basic protocol plus troubleshooting and optimization strategies / T. C. Lorenz // J. Visual. Experiments. – 2012. – Vol. 22, N 63. – P. e3998. doi: 10.3791/3998

26. Водчиц, Н. В. Подбор условий проведения ISSR–ПЦР для сортовой голубики высокорослой (Vaccinium corymbosum) / Н. В. Водчиц, Е. О. Юрченко, А. А. Волотович // Весн. Палес. дзярж. ун-та. Сер. прыродазнаўчых навук. – 2015. – № 1. – С. 3–7.