Молекулярно-генетические маркеры для идентификации природных бактерий рода Rhodococcus
https://doi.org/10.29235/1029-8940-2021-66-1-26-36
Анатацыя
Анализ генов и кодируемых ими белков GroEL бактерий рода Rhodococcus, способного деградировать широкий спектр органических и неорганических субстратов, показал, что данные детерминанты могут быть использованы в качестве молекулярно-генетических маркеров для видовой идентификации. Разработана схема, позволяющая на основании рестрикционного анализа продуктов ПЦР генов groEL с применением рестриктаз BglI, NarI, SfiI, SinI и RseI устанавливать видовую принадлежность природных бактерий рода Rhodococcus. Аннотированс) 52 локуса генома, определяющие устойчивость бактерий R. pyridinivorans 5Ap к стрессовым условиям среды (49 структурных и 4 регуляторных гена, детерминирующих синтез 23 белков теплового шока, 9 универсальных стрессовых белков, 17 цитохромов Р450). Среди изученных детерминант выявлены уникальные нуклеотидные по-следовательности плазмидного и хромосомного происхождения, кодирующие синтез белка теплового шока DnaK (1 плазмидный ген) и цитохромов Р450 (2 хромосомных и 1 плазмидный), которые могут использоваться для молекулярного типирования биотехнологического штамма R. pyridinivorans 5Ap.
Аб аўтарах
А. Букляревич
Белорусский государственный университет
Расія
Расія
М. Титок
Белорусский государственный университет
Расія
Расія
Спіс літаратуры
1. Solyanikova, I. Biochemical features of the degradation of pollutants by Rhodococcus as a basis for contaminated wastewater and soil cleanup / I. Solyanikova, L. Golovleva // Mikrobiologiia. - 2011. - Vol. 80, N 5. - P. 591-607. https://doi.org/10.1134/s0026261711050158
2. The genus Rhodococcus / K. S. Bell [et al.] // UK J. Appl. Microbiol. - 1998. - Vol. 85, N 2. - P. 195-210. https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.1998.00525.x
3. Majidzadeh, M. Current taxonomy of Rhodococcus species and their role in infections / M. Majidzadeh, M. Fatahi- Bafghi // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2018. - Vol. 37, N 11. - P. 2045-2062. https://doi.org/10.1007/s10096-018-3364-x
4. Detection of vapN in Rhodococcus equi isolates cultured from humans [Electronic resource] / L. K. Bryan [et al.] // PLoS ONE. - 2018. - Vol. 13, N 1. - P. e0190829. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190829
5. Identification and mutagenesis by allelic exchange of choE, encoding a cholesterol oxidase from the intracellular pathogen Rhodococcusequi / J. Navas[et al.] // J. Bacteriol. - 2001. - Vol. 183, N 16. - P. 4796-4805. https://doi.org/10.1128/jb.183.16.4796-4805.2001
6. Rapid identification of Rhodococcus equi by a PCR assay targeting the choE gene / N. Ladron [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N 7. - P. 3241-3245. https://doi.org/10.1128/jcm.41.7.3241-3245.2003
7. Applicability of the functional gene catechol 1,2-dioxygenase as a biomarker in the detection of BTEX-degrading Rhodococcus species / A. Tancsics [et al.] // J. Appl. Microbiol. - 2008. - Vol. 105, N 4. - P. 1026-1033. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2008.03832.x
8. Duquesne, F. Development of a multilocus sequence typing scheme for Rhodococcus equi / F. Duquesne // Vet. Microbiol. - 2017. - Vol. 210. - P. 64-70. https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2017.08.010
9. Identification and environmental detection of Rhodococcus species by 16S rDNA-targeted PCR / K. S. Bell [et al.] // J. Appl. Microbiol. - 1999. - Vol. 87, N 4. - P. 472-480. https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.1999.00824.x
10. Sequence analysis of 16S rRNA, gyrB and catA genes and DNA-DNA hybridization reveal that Rhodococcus jialingiae is a later synonym of Rhodococcus qingshengii / A. Tancsics [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2014. - Vol. 64, N 1. - P. 298-301. https://doi.org/10.1099/ijs.0.059097-0
11. Next-generation systematics: An innovative approach to resolve the structure of complex prokaryotic taxa / V. Sangal [et al.] // Sci. Reports. - 2016. - Vol. 6. - Art. 38392. https://doi.org/10.1038/srep38392
12. Ruiz-Gonzalez, M. X. Coevolution analyses illuminate the dependencies between amino acid sites in the chaperonin system GroES-L / M. X. Ruiz-Gonzalez, M. A. Fares // BMC Evol. Biol. - 2013. - Vol. 13, N 1. - P. 156. https://doi.org/10.1186/1471-2148-13-156
13. Transcriptional analysis of the groES-groELl, groEL2, and dnaK genes in Corynebacterium glutamicum: characterization of heat shock-induced promoters / C. Barreiro [et al.] // J. Bacteriol. - 2004. - Vol. 186, N 14. - P. 4813-4817. https://doi.org/10.1128/jb.186.14.4813-4817.2004
14. A mycobacterium tuberculosis mutant lacking the groEL homologue cpn60.1 is viable but fails to induce an inflammatory response inanimal models of infection / Y. Hu [et al.] // Infect. Immun. - 2008. - Vol. 76, N 4. - P. 1535-1546. https://doi.org/10.1128/iai.01078-07
15. GroEL1: a dedicated chaperone involved in mycolic acid biosynthesis during biofilm formation in mycobacteria / A. Ojha [et al.] // Cell. - 2005. - Vol. 123, N 5. - P. 861-873. https://doi.org/10.3410/f.1030372.358632
16. Консорциум термотолерантных бактериальных штаммов для деградации нефти и нефтепродуктов в грунтах и водах в условиях жаркого климата: пат. 2617941 РФ: МПК C12N1/20, B09C1/10, C02F3/34, C12R1/01 (2015). M., 2015. - Я. А. Делеган, А. А. Ветрова, М. И. Чернявская, М. А. Титок, А. А. Иванова, А. Е. Филонов, А. М. Боронин. Дата. публ. 28.04.2017.
17. Первичный анализ генома бактерий - деструкторов нефти Rhodococcus pyridinivorans 5Ap / М. И. Чернявская [и др.] // Тр. БГУ Сер. : Физиол., биохим. и молекуляр. основы функционирования биосистем. - 2016. - Т. 11, № 1. - C. 219-223.
##reviewer.review.form##
Праглядаў: 705
Паслаць артыкул па эл. пошце 
